O curso de Laboratório de Química do Colégio Bandeirantes é dado da 8.a série do Ensino Fundamental ao 3.o ano do Ensino Médio (exatas e biológicas).

As aulas são semanais, e o curso multidisciplinar é dado por temas. Desta forma, o aluno estuda e discute a Química nos mais diferentes e abrangentes assuntos, como por exemplo o motivo da utilização de cloro no tratamento de água, sua ação germicida, a obtenção e ação dos gases poluentes ao meio ambiente, a importância e fabricação de um plástico biodegradável, discussão "química" sobre as enchentes na cidade de São Paulo etc.

Os Laboratórios são equipados com quatorze computadores por sala que possibilitam a visualização de programas de simulações experimentais, a consulta da apostila virtual, o acompanhamento das medidas realizadas com sensores de temperatura, pH, condutividade elétrica e construção de gráficos. Animações e estruturas de moléculas em pseudo-3D também são recursos disponíveis nos laboratórios muito empregados em aulas.

Para garantir um perfeito funcionamento dos cursos dos Laboratórios de Química o Colégio Bandeirantes possui um amplo espaço associado para uma sala de preparação de soluções, armazenamento de reagentes, vidrarias, balanças e local apropriado para os professores desenvolverem testes inovadores.